Kể từ khi đài bắt đầu phát thanh năm 1996, chính phủ Trung Quốc đã liên tục phá sóng phát thanh của Đài Á Châu Tự Do[15].

Ba thông tín viên của Đài Á Châu Tự Do bị từ chối nhập cảnh vào Trung Quốc để tường trình về chuyến viếng thăm của Tổng thống Hoa Kỳ Bill Clinton vào tháng 6 năm 1998. Tòa Đại sứ Trung Quốc tại Washington D.C. ban đầu đã cấp thị thực nhập cảnh cho cả ba nhưng sau đó xét lại chỉ không lâu trước khi Tổng thống Clinton rời Washington trên đường đến Bắc Kinh. Nhà Trắng và Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ đã đưa ra lời than phiền với chính phủ Trung Quốc về vấn đề này nhưng cuối cùng thì các thông tín viên cũng không đi được[15][16].

Chương trình phát thanh của Đài Á Châu Tự Do vào Việt Nam cũng bị phá sóng từ khi bắt đầu[17]. Quốc hội Hoa Kỳ đã để xuất ra nhiều đạo luật liên quan đến nhân quyền Việt Nam, nhằm tạo ngân quỹ để chống các biện pháp phá sóng Đài Á Châu Tự Do của chính phủ Việt Nam[18]. Nghiên cứu của dự án OpenNet Initiative, chuyên quan sát việc kiểm soát Internet của các chính quyền trên Internet, cho thấy phần tiếng Việt của website Á châu Tự do bị cả hai nhà cung cấp dịch vụ Internet tại Việt Nam ngăn vào, trong khi phần tiếng Anh chỉ bị một nhà cung cấp cấm[19].

Để đối đầu với các hiện tượng này, Đài Á Châu Tự Do đã đưa thông tin cách tạo ăng ten chống phá sóng và cách truy cập dùng proxy server trên website chính thức của họ[20].